De nombreuses espèces animales et végétales remarquables (Ecrevisse à pattes blanches, Moule perlière, Lamproie de Planer, Chabot, Loutre, Isoète des lacs, Rossolis à feuilles rondes, Lycopode des tourbières, etc) et d’habitats inféodés aux milieux aquatiques et/ou humides présents sur le territoire Loire amont témoignent d’un patrimoine naturel remarquable. Si le bassin représente un tel réservoir de biodiversité, c’est entre autre lié à la présence d’un chevelu hydrographique dense, d’une mosaïque de milieux humides et d’une grande richesse au niveau des têtes de bassin versant (1 747,5 km de cours d’eau têtes de bassin versant, de nombreuses zones humides) globalement préservés. Les principales entités de zones humides de trouvent sur les plateaux du Devès et du Mézenc, dans les zones alluviales de la Loire et au niveau des têtes de bassin de ces principaux affluents. Parmi les secteurs remarquables, le sous-bassin de l’Ance du nord est à signaler avec la présence exceptionnelle de la Moule perlière.
En plus des pressions qualitatives liées aux perturbations hydrologiques, ce capital hydrographique est soumis à diverses pressions physiques avec :
- un cumul d’impacts ou de menaces physiques diverses sur les zones humides et les cours d’eau (enjeux spécifiques ou accrus au niveau des têtes des bassins en zone d’élevage ou forestière) notamment liés à certaines pratiques agricoles (drainage, piétinement du lit et des berges par le bétail) et de gestion sylvicole (problématique d’enrésinement, de gestion des pistes de desserte, coupes à blanc) ;
- des travaux en rivières et dans le lit majeur (déblais-remblais notamment du fait de l’urbanisation au centre du bassin),
- de nombreux ouvrages infranchissables et modifiant les flux sédimentaires sur la majorité des cours d’eau et plus particulièrement sur la Borne,
- un enrésinement des cours d’eau et des zones humides sur les têtes de bassin de la Borne, de l’Ance du Nord, de l’Arzon et sur le secteur ardéchois,
- une déstabilisation généralisée du lit et des berges suite à d’importantes crues sur la Suissesse et le Ramel,
- la présence d’espèces invasives végétales (Renouée du Japon,…) et animales (Écrevisses allogènes) qui peut perturber l’intégrité des milieux aquatiques.
Ces pressions sont certainement à l’origine de la perturbation localisée de certains peuplements piscicoles et de la disparition d’espèces ou de leur difficile maintien. Aujourd’hui, plusieurs actions en faveur des milieux aquatiques et de la biodiversité sont programmées sur certaines parties du territoire et conduiront à une amélioration locale de l’état écologique des milieux (Haut bassin Loire amont, Borne, Ance du nord amont). Il reste néanmoins un grand nombre de territoires non couverts par une maîtrise d’ouvrage.
Outre le bon état écologique visé, l’amélioration de leur qualité des milieux est au cœur de nombreux projets de développement local : l’eau et les milieux aquatiques sont notamment des éléments structurants pour le développement touristique (chemins d’itinérance douce, écotourisme, etc). Ainsi des projets de développement touristiques voient le jour sur le territoire.
Concernant les activités touristiques, nombreuses sont celles qui s’appuient sur la richesse naturelle du territoire (des milieux, des paysages, géologique, etc) et liées à l’eau (pêche, baignade, canoë-kayak, etc). La fréquentation touristique des milieux peut entraîner un risque localisé de dégradation. Le département de l’Ardèche et le long des Gorges de la Loire sont les secteurs prioritaires. De futures dégradations sur les zones humides et les cours d’eau sont attendues sur le territoire, principalement dans l’axe urbanisé ainsi que sur les têtes de bassin, en zone d’élevage ou forestière.